Theo kết luận điều tra, trong quá trình quản lý việc thanh toán tiền trúng đấu giá, ngay khi Công ty Yên Khánh thanh toán không đúng hạn hợp đồng, Tổng công ty Cửu Long đã có 12 văn bản báo cáo Bộ GTVT. Sau đó, Bộ GTVT có 12 văn bản chỉ đạo nhưng đều không đề nghị chấm dứt trước hạn hợp đồng theo quy định, thu hồi quyền thu phí. Trong đó có 3 văn bản do ông Nguyễn Văn Thể ký.

Cụ thể, ngày 31/8/2015, ông Thể ký văn bản gửi Tổng công ty Cửu Long, Công ty Yên Khánh chỉ đạo yêu cầu phía Yên Khánh thanh toán theo đúng cam kết. Tiếp đó, ngày 8/10/2015, ông Nguyễn Văn Thể ký tiếp văn bản chỉ đạo Tổng công ty Cửu Long đốc thúc phía Yên Khánh nộp đủ số tiền mua quyền thu phí cao tốc. Ngày 22/6/2015, ông Thể ký tiếp văn bản thứ ba để gửi ông Đinh La Thăng, báo cáo việc Công ty Yên Khánh chưa thanh toán hết số tiền theo yêu cầu.

Ông Thăng viết lên góc trái tờ trình đề nghị ông Thể giải quyết theo đúng quy định của pháp luật.

Từ đó, phía Công ty Yên Khánh ký văn bản gửi Bộ GTVT kiến nghị về việc giao Công ty Yên Khánh được chỉ định làm nhà đầu tư xây dựng bổ sung 2 nút giao thông trên tuyến nối Tân Tạo - Chợ Đệm theo hình thức BOT hoặc BOT kết hợp BT với tổng đầu tư 1.300 tỉ đồng.

Kết luận của Cơ quan cảnh sát điều tra Bộ Công an chỉ rõ sai phạm của ông Đinh La Thăng và ông Nguyễn Văn Thể đã để cho Công ty Yên Khánh, là công ty kinh doanh thua lỗ, không đủ tư cách tham gia nhưng trúng đấu giá.

Tuy nhiên, cơ quan này không nêu hình thức xử lý, kiến nghị đối với cá nhân ông Nguyễn Văn Thể.